Преподобномученик Афанасій був вихідцем із православної сім’ї, яка, можливо, належала до ремісничого стану. Він навчався у Віленській братській школі, після закінчення якої став учителем.
Близько 1620 року литовський канцлер Лев Сапіга призначив святого Афанасія гувернером («інспектором») Яна Фаустина Луби, вивезеного до Речі Посполитої польським шляхтичем Бєлінським, котрий представив його польському уряду як сина Лжедмитрія I та Марини Мнішек, хоча насправді це був син шляхтича Дмитра Луби.
1627 року ігумен Свято-Духового монастиря Йосиф (Бобрикович) звершив постриг преподобномученика Афанасія в чернецтво. Святий подвизався в Кутеїнському монастирі під Оршею та Межигірському монастирі. 1632 року у Вільно він був висвячений на ієромонаха та призначений намісником ігумена Добойського монастиря під Пінськом.
Оселившись у Куп’ятицькому монастирі, преподобномученик Афанасій написав «лист-скаргу» до Пресвятої Богородиці, де розповів про утиски, які чиняться щодо Православ’я з боку католиків та уніатів, і благав Пречисту Діву про заступництво. Після того як лист було підписано багатьма людьми, святий Афанасій поклав його біля чудотворної Куп’ятицької ікони Божої Матері.
У 1640 році святий Афанасій став ігуменом берестейського монастиря в ім’я преподобного Симеона Стовпника та розпочав жваву діяльність з відновлення прав берестейського православного братства й повернення захоплених уніатами храмів, проголошуючи всюди, що унія з Римом проклята «навік». На сеймі у Варшаві у вересні 1641 року преподобномученику вдалося домогтися від короля Владислава IV підтвердження прав братства, але канцлер і підканцлер відмовилися завірити королівський привілей печатками, без чого він не мав законної сили.
У зв’язку з цим 1643 року він знову приїхав до Варшави на сейм. Велике враження на святого справили зустрічі з невдоволеними унією городянами, які приїхали до міста з різних місць Речі Посполитої. Голос від ікони Пресвятої Богородиці повелів святому Афанасію за допомогою Куп’ятицького образа скаржитися королю на утиски, які чинять православним, і пригрозити Божим гнівом за насадження унії. На сеймі він виступив зі скаргою на безправне становище православних у Польщі та роздав знатним членам сейму списки з Куп’ятицької ікони, забезпечивши їх текстом, що містив вимогу викорінити унію та «заспокоїти» православну віру.
Присутні на сеймі православні ієрархи та настоятелі великих монастирів, побоюючись непередбачуваних дій преподобномученика Афанасія, посадили його під варту. Святий, юродствуючи, вирвався із в’язниці на вулицю майже голим, маючи на собі клобук і чернечу мантію, бив себе палицею та вигукував прокляття унії. Православні єпископи судили його та позбавили сану.
Суд митрополичої консисторії в Києві, в довгому очікуванні на який святий Афанасій написав пояснювальну записку «руською» та латиною, включивши до неї текст, розданий ним на сеймі 1643 року, виправдав святого. Київський митрополит святитель Петро (Могила) відновив його в сані ігумена та повернув до Бреста.
Після того як святий Афанасій почув голос від Куп’ятицької ікони Божої Матері, котрий велів йому ще раз просити короля про знищення унії, святий готувався знову захищати Православ’я на сеймі 1645 року, але був заарештований. Перебуваючи у справах берестейського братства в Кракові в 1644 році, святий передав послові лист Луби, деякі вислови якого спонукали уряд порушити справу про самозванця та вимагати його видачі.
Звільнений за велінням короля, святий був відправлений до Києво-Печерського монастиря. Після смерті митрополита Петра (Могили) він повернувся до Бреста. Попри те, що там святий Афанасій не вживав діяльних заходів проти уніатів, після початку козацького повстання в 1648 році, в умовах нового гоніння на православних, яке настало, коли помер король Владислав, він був помилково звинувачений у зв’язках з козаками.
Незважаючи на те, що звинувачення не підтвердилося, за критику унії святого кинули до в’язниці, а 5 вересня 1648 року, після відмови зректися православної віри, піддали жорстокій страті.
У травні наступного року ченці Симеонівського монастиря відшукали останки святого Афанасія зі слідами мук, які дали привід припустити, що святого поховали живцем. Останки спершу перенесли до монастиря на честь Різдва Христового, а потім поховали в храмі в ім’я преподобного Симеона Стовпника.
Шанування преподобномученика почалося одразу після його загибелі. Пізніше, 5 січня 1658 року, архімандрит Києво-Печерського монастиря Інокентій (Гізель) та архімандрит Йосиф (Нелюбович-Тукальський) написали цареві Олексію Михайловичу про те, що нетлінні останки святого Афанасія спочивають у Бресті. 20 липня 1666 року там було знайдено мощі святого.
На початку XIX століття у монастирі згорів храм Симеона Стовпника та пропали низка паперів, що стосуються святого Афанасія. Мідна рака з його мощами розплавилася, але священник С. Литовський з парафіянами відшукав частинки мощей, і вони були поміщені на олов’яному блюді у вівтарі трапезної церкви.
У 1823 році мощі переклали до дерев’яного ковчега та поставили в церкві, а в 1857 році помістили до срібного позолоченого ковчега, пожертвуваного М. А. Полівановим на знак подяки за дивовижне зцілення свого сина по молитві до святого.
